אשכול בית הכרם משתף פעולה עם האקדמיה במגוון נושאים. שיתוף הפעולה מאפשר הפריה הדדית הן לאשכול אשר מתעדכן בפרקטיקות הידע החדשות בעולם האקדמי והמחקר והן את החוקרים והסטודנטים מהפקולטות השונות בטכניון, אוניברסיטת חיפה, בראודה ואפילו הרווארד בכך שמאפשר למידה מהשטח ו beta site שמוכן לאמץ מודלים ולבחון אותם.